分校与校区之间的差异主要体现在几个关键方面。首先，在办学独立性上，多数分校在教务管理上与本部相对独立，教学资源可以共享，而分校区则在地理区位不同外，其余方面基本与本部保持一致，并直接受本部管理。分校更侧重于机构关系的独立，而分校区则强调统一。

其次，在招生权限方面，分校区通常没有独立招生的权利，其生源主要来自本部的统一招生，再根据教学需求分配到不同的校区。因此，分校区的生源质量较为可靠。相比之下，大多数分校性质的学校属于民办独立院校，其招生工作基本独立于校本部，录取分数线通常低于校本部。

最后，在学位证书方面，早期的分校和分校区，除了毕业证书外，本科学位证书必须由校本部统一颁发。证书封皮样式和文字与校本部相同，证书内芯同样加盖本部公章和本部校长印，仅在部分文字上关于毕业学校的表述有所不同。自2011年起，独立分校开始陆续颁发自己的学位证书。

总的来说，分校与分校区在办学独立性、招生权限以及学位证书发放等方面存在显著差异。分校强调组织关系的独立，而分校区则更注重统一。分校的独立性体现在教务管理上，而分校区的独立性则主要体现在招生和学位证书发放上。