横滨市立大学设有国际综合科学部（国际综合科学科（国际教养学系、理学系、经营科学系、融合领域））、医学部（医学科、看护学科）、大学院设有国际综合科学研究科（博士前、后期课程：生体超分子科学专攻、国际文化研究专攻、经营学专攻、博士前期课程：理学专攻、博士后期课程：纳科学专攻、生物科学专攻）、医学研究科（硕士课程：医科学专攻、4年制博士课程：生命分子情报医科学专攻、生体机能医科学专攻、生体系统医科学专攻）。