日本在华学校数量为137所。首当其冲的是北京日本人学校，接着是广州、深圳、苏州、上海、大连、青岛、天津和杭州等地的日本人学校，部分城市甚至设有不止一所此类学校。根据2019年日本官方数据，至少有14万日本人居住在中国，并建立了35所日本学校，这些学校主要位于北京、天津、上海、广州、杭州、苏州、大连、青岛等一、二线城市。这些学校至少有20年历史，其中上海日本人学校规模最大。这些被称为“神秘”的学校，从校长到保安都是日本人，学校周边明确标识禁止中国人接近。学校信息保密措施严格，课堂窗帘拉紧，校外活动隐秘，外界难以了解教学内容和活动。这些学校由中国教育部门监管，由日本大使馆负责。放学后，学生不允许在学校外逗留，统一乘坐电车回家，很少与当地居民交流，引起人们警觉。

杭州日本人学校是杭州经济技术开发区2008年十大基础教育项目之一。学校占地面积2.3万平方米，建筑面积5846平方米，包括教学楼、体育馆、室外田径场和网球场。该校位于中国计量大学现代科技学院校区（即中国计量大学东校区）和杭州公交下沙停保基地附近。由开发区投资建设，日方管理教学，服务在杭日资企业，优化投资环境，促进政府与日企友好关系。杭州日本人学校是浙江省内第一所日本人学校，被日本文部科学省认定为海外教育机构，实施与日本国内相同的教育内容。