岛根大学的历史可以追溯到1949年，当时松江高等学校、岛根师范学校以及岛根青年师范学校合并，诞生了新制的岛根大学，成立了文理学部和教育学部，为大学奠定了坚实的基础。

1965年，县立岛根农科大学被纳入国家管理，这一时期岛根大学增设了农学部，进一步扩大了其学科领域。随着医学教育的发展，1975年，岛根医科大学正式成立，为大学的医学研究注入了新的活力。

1978年，岛根大学对文理学部进行了改组，新设立了法文学部和理学部，学科结构更加丰富。1995年，理学部和农学部进一步整合，形成了综合理工学部和生物资源科学部，展示了大学在科学研究上的深化与拓展。

进入21世纪，2003年，岛根大学与旧岛根医科大学合并，教育资源得到了进一步整合。同年，岛根大学正式成为国立大学法人，迈入了新的发展阶段。2004年，大学设立了大学院法务研究科，即法科大学院，标志着大学在法学教育上的提升和深化。