独栋别墅在农村的价格因地区、设计、建材等多种因素而异，一般每平方米的价格在1000元到3000元之间。以下为具体解释：

1. 地区差异：不同地区的农村地价、经济发展水平以及市场需求都会影响别墅的价格。比如，一些发达地区的农村，地价较高，别墅价格也会相应上升。而相对落后的地区，地价较低，别墅价格也会较为亲民。

2. 建筑设计和建材：独栋别墅的设计复杂程度、所使用的建材质量也会影响其价格。高级的材料、复杂的设计都会增加建筑成本，从而影响到每平方米的价格。

3. 建筑成本：除了土地成本，建筑成本也是决定别墅价格的重要因素。这包括劳务费用、材料费用等。在一些地区，由于人工费用较高，别墅的造价也会相应提高。

4. 其他因素：此外，还有一些其他因素如政策、市场供需等也会对别墅价格产生影响。比如，政府的相关政策可能会影响到土地成本和建筑标准，从而影响到别墅的价格。

总的来说，独栋别墅在农村的价格是一个综合多种因素的结果。具体的价格需要根据地区、设计、建材等多种因素来确定。因此，在决定建造独栋别墅前，建议详细咨询当地的建筑商或房地产开发商，以获取更准确的价格信息。