驻日美军在日本总人数为36365人。驻日美军司令部在东京的横田基地。驻日美军陆战队司令部位于冲绳，下辖冲绳第3海军陆战队，第1海军陆战航空大队，第3海军陆战后勤大队，第12海军陆战大队。驻日美军海军司令部位于横须贺，并拥有佐世保，冲绳白滩海军基地。驻日美军空军司令部位于横田基地，指挥位于三泽的第35战斗航空联队，横田的第374运输航空大队和嘉手纳的第18航空联队。另外，在嘉手纳，厚木，三泽还驻有海军航空设施队，直接受第七舰队指挥，不受驻日美军司令部的指挥。