东京地铁的历史始于1941年，当时依据"帝都高速度交通营团法"成立了东京地下铁公芦旦司，即营团地下铁。最初的运营者是"东京地下铁道"和"东京高速铁道"，他们各自负责建设并经营两条独立的地下铁路线。政府在这一时期起到了整合作用，通过线路直通和股份收购，将两家公司合并为营团，与东京市及私铁业者共同投资，形成特殊交通法人。

战后，东京都政府曾计划将营团地下铁收归都营。然而，考虑到营团地下铁作为国家出资、具有高度公共性的事业，以及对战后复兴的重要性，运输省（现国土交通省）主张保留。这一时期，营团地下铁的未来发展路径发生了转变。

2004年4月1日，为了适应行政改革，营团地下铁正式转变为公司化运营，改名为现在的东京地铁，且其路线名称也随之更新。其目标定在2007年实现完全民营化。目前，东京地铁共运营着9条线路。

东京地铁系统拥有13条线路，220多座车站，线路总长312.6公里。东京地铁的日平均客流量为800万人次，是世界上客流量最大的地铁系统。早在1927年12月就开通了银座至浅草寺的路段，因而是亚洲最早有地铁的城市。

1955年以后，都市化迅猛发展，为了解决这些人口的出行需求，轨道交通便成为首选，地铁也由此发展起来。东京地铁线网由东南海滨的城市中心向北、向西扇形发展，呈放射式布局，并与市郊铁路衔接联运。

目前东京地铁系统有两家运营公司组成，一家是东京地铁公司（Tokyo Metro），还有一家是都营地铁公司（Toei Subway）。