超过两个月的审查确实表明可能存在问题，但具体原因需要通过电话咨询入管局获取。他们会告知当前的处理进度。如果存在问题，他们会要求你补充材料。当然，如果是因为公司资质问题或有违法犯罪记录，这也会影响签证审批。

不要等待，主动联系入管局进行咨询。如果签证被拒，他们也会直接告诉你具体原因。即使签证已经提交入管局，如果在留资格到期后的两个月内，一般不会出现问题，但这是特殊情况。

保持沟通，及时了解签证状态，确保所有必要材料齐全。这有助于提高签证获批的机会。如果确实存在问题，迅速补充相关材料或解决公司资质问题，可以提高再次申请成功的可能性。

在留资格的处理周期较长，耐心等待的同时，保持积极的态度。及时沟通可以避免误解和不必要的焦虑。

如果多次尝试未果，可以考虑寻求专业律师的帮助，他们可以提供专业的建议和解决方案。此外，也可以考虑了解其他途径进入日本工作，确保能够顺利实现目标。

总之，保持积极主动的态度，及时沟通，补充材料，寻求专业帮助，这些都是提高签证申请成功率的有效方法。