日本拥有众多高水平的大学，其中国立大学中排名较好的有东京大学、京都大学、大阪大学、名古屋大学、东京工业大学、九州大学等，这些大学通常在全球排名前100位内。公立大学中，横滨市立、大阪市立、东京都立等也颇具声望。

私立大学中，庆应义塾大学因其培养了三位日本首相而闻名，早稻田大学则以培养出诺贝尔奖得主而著称。此外，同志社大学、立命馆大学、明治大学、上智大学等私立大学同样备受推崇。

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