东京大学的学制设置多样，根据不同专业需求有所不同。硕士阶段的学制一般为四年，对于医学、农学、兽医学以及药学系的药学科学专业，学制则延长至六年。

本科教育阶段，东京大学实行弹性学制，一般学科的学制为四年。前两年为本科的前期课程，主要集中在教养学院进行，后阶段则根据学生选择的学院进行学科专业教育，最长的学制可达八年。

前期课程的设置旨在为学生打下坚实的基础，包括基础科目、综合科目、主题科目和专业科目四个部分。基础科目和综合科目是课程的核心内容，文科前期的最低修读学分是53，理科则是61。