一类动物病原微生物：

口蹄疫病毒、高致病性禽流感病毒、猪水泡病病毒、非洲猪瘟病毒、非洲马瘟病毒、牛瘟病毒、小反刍兽疫病毒、牛传染性胸膜肺炎丝状支原体、牛海绵状脑病病原、痒病病原。

二类动物病原微生物

猪瘟病毒、鸡新城疫病毒、狂犬病病毒、绵羊痘、山羊痘病毒、蓝舌病病毒、兔病毒性出血症病毒、炭疽芽孢杆菌、布氏杆菌。

三类动物病原微生物

多种动物共患病病原微生物：低致病性流感病毒、伪狂犬病病毒、破伤风梭菌、气肿疽梭菌、结核分支杆菌、副结核分支杆菌、致病性大肠杆菌、沙门氏菌、巴氏杆菌、致病性链球菌。

李氏杆菌、产气荚膜梭菌、嗜水气单胞菌、肉毒梭状芽孢杆菌、腐败梭菌和其他致病性梭菌、鹦鹉热衣原体、放线菌、钩端螺旋体。

根据病原微生物的组成及结构，可将其分为三大类：

1、非细胞型微生物

主要包括病毒和朊粒等。病毒无细胞结构，仅由蛋白质外衣包裹核酸构成，如甲型肝炎病毒、SARS冠状病毒等。朊粒是一种感染性蛋白质分子，能够引起动物和人类脑组织慢性海绵体变性，如疯牛病及人类的库鲁病。

2、原核细胞型微生物

由裸露的DNA盘绕形成原始核质，没有核膜和细胞器，包括细菌、立克次体、衣原体、支原体、螺旋体，属于广义的细菌范畴。

3、真核细胞型微生物

包括真菌、原虫等。此类微生物具有核膜和复杂的细胞器，如引起疟疾的疟原虫及引起皮肤病的霉菌等。