物流配送体系薄弱，主要问题在物流平台构筑落后，物流配送效率低和物流装备标准化程度低，物流配送中心信息化程度低， 物流配送人才短缺。除此之外，物流配送的主要问题有物流配送模式选择不当，配送中心设施落后、功能不全等。

国内企业， 特别是连锁企业物流配送存在的问题在于存在多渠道的配送模式， 统一配送效率低和采购成本居高不下， 国内大部分连锁企业多采用自营配送却没有实现完善的配送作业， 物流配送的标准化水平低。连锁企业物流配送中存在的问题在于未能实现集中采购和进货，未能实现统一的存货和库存管理，标准化程度低，计算机信息系统建设滞后。

由于缺乏对选址决策重要性的认识， 只简单地考虑仓储租金，很少结合配送成本、配送效率和服务质量来分析使得配送中心选址不科学，由于没有合适的装卸平台、足够的车辆和设备以及技术而使得配送中心建设不规范。连锁企业物流配送存在的问题在于经营管理理念的不合理，配送中心发展不合理， 配送中心机械化不高，配送的比率不合理。

对于物流配送至关重要的配送中心来说，除了上述的一些问题外，还存在以下的问题：配送中心基础设施薄弱，利用率低，物流服务质量不高，配送中心人员的素质不高，缺乏现代物流的一些思想和意识。物流配送管理体制和机制存在障碍， 政府的各职能部门以及企业的各部门之间对现代物流认识不足和缺乏统一的战略思想。而物流以及配送基础设施呈现“瓶颈”现象，我国物流总体水平落后， 存在物流配送技术和物流综合协调能力的约束。