肺脓肿病原体主要是厌氧菌和兼性厌氧菌，近年来需氧菌感染比率增高。

肺脓肿有三种类型，首先吸入性肺脓肿最常分离到的厌氧菌有消化链球菌属，普雷沃菌属以及拟杆菌属。

然后继发性肺脓肿的话一般由某些细菌性肺炎引起，病原菌有金黄色葡萄球菌、铜绿假单胞菌和肺炎克雷伯杆菌。

最后血源性肺脓肿致病菌以金黄色葡萄球菌、表皮葡萄球菌及链球菌为常见。