赣州市监察局内设机构设有多个部门，其主要职能如下：

一、办公室，负责全局的综合协调、文秘、档案、办公自动化等工作，以及综合性会议的组织和机关行政事务、后勤管理和财务工作。

二、监察综合室，负责收集和研究行政监察工作情况，协助局领导处理日常事务，向省监察厅和市政府请示、汇报工作，以及与市直各部门及县（市、区）政府的联系。

三、研究室，负责纪检监察工作的理论研究及政策问题的调查，起草重要文件和报告。

四、宣传教育室，负责宣传纪检监察工作的方针、政策，新闻报道和新闻发布工作，党风党纪、政风政纪教育，纪检监察干部业务培训，以及编辑、发行纪检监察内部刊物。

五、执法监察室，指导全市纪检监察系统开展执法监察，监督检查法律法规执行情况，以市监察局名义开展执法监察工作，并将发现的违法违纪案件线索转交相关部门处理。

六、纪检监察一室至三室，分管不同级别的案件检查工作，负责承办案件，监督、检查领导干部遵守党纪国法情况，以及指导纪检监察工作。

七、案件审理室，负责审理案件，审核报批或备案的案件，受理申诉，以及行政诉讼应诉业务。

八、信访室（举报中心），负责办理群众来信、来访，受理举报、申诉，并核查部分信访举报案件，督促承办情况，综合反映信访信息，组织专项举报调查。

九、干部管理室，负责人事、劳动工资、机构编制等工作，管理派驻机构人员编制，选拔任用领导干部征求市纪委意见，研究组织建设意见，协同开展干部培训。

十、案件监督管理室，负责统计、汇总、审核和上报案件数据，跟踪督办重大案件，收集、汇总各类重大和典型案件，进行综合分析，提供对策性建议，负责案件监督管理制度指导工作。

十一、机关党总支，负责机关的思想、组织、作风建设工作，以及工、青、妇等工作。

十二、赣州市党风廉政建设领导小组办公室（党风廉政室），负责监督检查、综合分析全市党风廉政建设情况，组织实施工作部署，指导和督促下级纪检监察机关党风廉政室业务工作，组织各类党风廉政建设检查和专项治理活动，协调领导干部廉洁自律工作。

十三、赣州市人民政府纠正行业不正之风领导小组办公室（纠风室），负责纠正普遍性、倾向性不正之风，调查研究、综合分析行业不正之风情况，承办典型案件查处等。