自然法学派与分析法学派在法律概念的理解上存在着分歧。自然法学强调法律的道德基础和人本主义，视法律为追求真理、善与美的工具，其反抗专制和不平等的精神深刻影响了西方文化。然而，自然法学的局限性也显而易见。首先，它过于依赖假设，忽视对法律历史、现状和未来的实证研究；其次，它的评价标准多来自外部，如理性、道德等，缺乏对法律本身的内在评价机制，导致法学理论独立性不足；再者，自然法学过于理论化，对现实法律问题的关注不足，缺乏实用性的评判标准，可能导致唯美主义倾向，对现实法律产生批判甚至极端化的看法。

相对而言，分析法学更注重事实分析，从法律内部的结构和形式出发，弥补了自然法学的一些缺陷。在中国法治初级阶段，恶法亦法的理论对强化规则意识和解决实施难题有所启示。然而，恶法亦法理论可能导致的形式法治过度，如韦伯所描述的“法条主义”，即法律形式合理性的滥用，可能破坏法治的实质。但这并不否定恶法亦法理论在推动形式法治发展中的重要性，它需要的是完善的补充，而非全盘否定。