1、 栽培条件 栽培条件不当，黄芪木质化程度增高，栽培的防风分枝等。

　　2、 采收加工 不同的采收期和不同的加工方法，使有效成分的种类或含量不同。如茵陈，过去只用幼苗，后来通过研究发现，茵陈的三个主要利胆有效成分以秋季的花前期和花果期含量为高，为此，药典规定茵陈有两个采收期，春季幼苗高6～10cm时或秋季花蕾长成时采收，前者称“绵茵陈”，后者称“茵陈蒿”。金银花采用阴干、晒干和蒸后晒干，绿原酸的含量不同，以蒸晒法加工者含量高。

　　3、 产地 同种药材，产地不同，质量不尽相同，如广藿香，广州石牌的广藿香气较香醇，含挥发油虽较少但广藿香酮的含量却甚微。

　　4、 贮藏时间 如荆芥的挥发油含量随贮藏时间的延长而减少;新鲜细辛的镇咳作用强，当贮存6个月后则无镇咳作用。贮藏不当会收起虫蛀、霉变、走油、风化。自燃等。

　　5、 运输 运输中如受到有害物质污染，必然影响质量。

　　6、 非药用部位超标 沉香掺入大量不含树脂的木材、山茱萸掺入大量果核，山楂不去核入药等。

　　7、 人为掺假 薏苡仁中掺入高粱米，红花中掺入细红沙或细锯末，海马腹中填入鱼粉，冬虫夏草中插入铁丝，天麻中掺入铁块，全蝎中掺入泥土、食盐，用桔梗冒充人参等。

　　8、 个别是药材经提取部分成分后再流入市场如人参、西洋参、三七、五味子、黄柏、丹参等。