来源不同，结构不同。1、来源不同。种皮是由胚珠的珠被经不同程度的变化而形成，果皮由子房壁的组织分化、发育而成，两者来源不同。2、结构不同。种皮分为两层，特分为内种皮和外种皮，果皮可分为外果皮、中果皮、内果皮3层，两者结构不同。