根系结构不同、功能不同等区别。

1、根系结构不同：单子叶植物的根系为须根系，没有明显的主根，须根是由许多细小、相对均匀分布在地下的侧生细长绒毛状或丝状结构组成。双子叶植物则具有直根系统，主要特征是有发达的主导性中心（称为主干或中央轴）以及从该中心向外延伸出来，与之连接形成支配体积较大范围土壤空间内各个方向上生长点。

2、功能不同：单子叶植物的须根系统起到固定和稳定作用，帮助保持整个植物在土壤中立足，提供水分和养分摄取所需条件。双子叶植物的根系更为复杂，由主根和侧生分支组成，更有效地吸收水分和从土壤中溶解出来的矿物质。