在真核生物的蛋白质合成过程中，起始阶段甲硫氨酰-tRNA扮演着关键角色。它不仅作为蛋白质合成的起始信号，还直接参与到核糖体P位点，成为肽链的第一个氨基酸。这一过程确保了新合成的肽链以甲硫氨酸作为起始点，这对于蛋白质的正确折叠和功能至关重要。

相比之下，在延伸阶段，甲硫氨酰-tRNA则通过特定的机制从A位点进入，进行氨基酸的添加。A位点作为肽链延长的站点，不断接受新的氨基酸，通过肽键的形成，逐步构建出完整的肽链。这种机制确保了肽链的连续性和准确性。

核糖体具有高度的特异性，能够识别并结合特定的tRNA，从而确保起始阶段甲硫氨酰-tRNA进入P位点。此外，翻译起始因子和GTP结合蛋白在这一过程中发挥着重要作用，它们协助甲硫氨酰-tRNA正确定位，并与核糖体P位点结合。

值得注意的是，A位点作为肽链延长的站点，其功能与P位点不同。A位点主要负责接受新的氨基酸，而P位点则保持前一个氨基酸的位置，直到新氨基酸与之形成肽键。这种动态的转换确保了蛋白质合成的准确性。

综上所述，起始阶段甲硫氨酰-tRNA直接进入P位点，而延伸阶段则从A位点进行氨基酸添加，这种机制确保了蛋白质合成的精确性和高效性。