当你迟到了一会儿，领导说“还以为你不来了”，你可以采取以下措施来处理这个情况：

1. 道歉：首先，对自己的迟到表示道歉。诚恳地承认自己的错误，并向领导表达歉意，说明你明白自己的责任和对团队的影响。

例如，你可以说：“非常抱歉，对我的迟到表示诚挚的道歉。我明白这给您和团队带来了麻烦，我会尽力避免再次发生这种情况。”

2. 解释原因：向领导说明你迟到的原因，并确保他们了解这只是个例并非常态。

例如，你可以说：“由于今早发生了交通堵塞，我出门迟了一点。我通常会提前安排好时间以确保准时到达，这次是个例外。”

3. 表达愿意弥补：表达你的愿望，以弥补这次迟到给团队带来的不便。

例如，你可以说：“我会尽力补回这段时间的工作，并确保这不会再次发生。如果有其他方式我可以弥补这次迟到给团队带来的影响，请告诉我，我将全力配合。”

4. 采取措施避免再次发生：向领导解释你将采取哪些措施，以确保将来不会再次迟到。

例如，你可以说：“为了避免再次发生这种情况，我会提前更早出门，避开交通高峰期。此外，我也会与同事商讨并尝试寻找更好的解决办法，以确保我能够准时到达。”

5. 表现出改变：最重要的是，迅速采取行动，证明自己的态度和行为已经发生了改变。

例如，你可以通过做出改善迟到问题的努力和准时出勤来展示自己的改变。

总而言之，当领导说“还以为你不来了”时，你应该道歉、解释原因、表达愿意弥补、采取措施避免再次发生，并通过行动证明自己的改变。这样可以向领导展示你对工作的认真态度和责任心，并防止类似情况再次发生。