因为尼罗河注入地中海，地中海属于大西洋，因此，尼罗河是非洲大西洋水系。

流域内所有河流、湖泊等各种水体组成的水网系统，称作水系。其中，水流最终流入海洋的称作外流水系，如太平洋水系、北冰洋水系；水流最终流入内陆湖泊或消失于荒漠之中的，称作内流水系。因此尼罗河注入地中海，属于大西洋水系。