公元2029年，星球上科学家们已改造了火星大气，并在那里建立了殖民地，称为LV-426-火星。蕾普丽很清楚这必定是公司的阴谋，但她却无计可施。不料几天后，公司却派潘克与海军军官前来要求她与他们一同去LV-426，原因是失去了联系。蕾普丽质问潘克，潘克不得不承认星球上正在进行对异形的研究，以改进生物武器计划。战斗人员到达了LV-426，艾伦·蕾普丽搭乘“水仙号”穿梭机逃生，在太空中漂流了57年后被地球舰队发现。当地球与LV-426星球的殖民地失去联系。

未来的世界，人类已能轻松穿梭于星际之间，在太空中展开商业活动。“诺史莫”飞船是在太空活动的众多星际商业运输船之一。一次，它完成任务满载太空矿石返航地球时，突然从一颗名LV-426的星球为收到了一组奇怪的信号，由于这可能是求救信号，飞船接到指令前往信号源地进行搜救。经过一段飞行后，飞船终于抵达LV-426星球信号源发出的地方。船员们发现此处果然有一艘坠毁的外星人飞船，经过一番搜索，他们发现该船的船员们都早已死亡，化为化石。此时，留在“诺史莫”号的第三指挥官里普利已经破译出该信号并不是求救信号，而是警告信号！