淀粉遇碘变蓝的原理是淀粉与碘反应生成包合物。该包合物是将带有羟基的碘分子与直链淀粉螺旋体包合而成，使碘分子包埋在淀粉螺旋体的轴中。

包合物会呈现不同的颜色，这与淀粉的聚合度或相对分子量有关。当直链淀粉的聚合度为200 ~ 980或相对分子量范围为32000 ~ 160000时，包合物的颜色为蓝色。