微生物细胞中含有淀粉酶，淀粉在淀粉酶的作用下化为葡萄糖，至于葡萄糖进入细胞：葡萄糖只有在进入红细胞时才会是协助扩散，进入其它的细胞都是主动运输。若微生物是厌氧性，则葡糖糖在没有氧气情况下通过酶的催化作用，分解成为不彻底的氧化产物，同时释放出少量能量。用于微生物(如乳酸菌、酵母菌)，则习惯上称为发酵。若是需氧型，则分为三个阶段，分别是第一个阶段（称为糖酵解），一个分子的葡萄糖分解成两个分子的丙酮酸，在分解的过程中产生少量的氢，同时释放出少量的能量。这个阶段是在细胞质基质中进行的；第二个阶段（称为三羧酸循环或柠檬酸循环），丙酮酸经过一系列的反应，分解成二氧化碳和氢，同时释放出少量的能量。这个阶段是在线粒体中进行的；第三个阶段（呼吸电子传递链），前两个阶段产生的氢，经过一系列的反应，与氧结合而形成水，同时释放出大量的能量。这个阶段也是在线粒体中进行的。以上三个阶段中的各个化学反应是由不同的酶来催化的。