原子直接构成的物质包括：

1. 少数非金属单质，如碳、硅等。

2. 金属单质，如铁、铜等。

3. 稀有气体单质，如氦气等。

分子构成的物质包括：

1. 大多数非金属单质，如氧气、氢气、硫、磷等。

2. 共价化合物（一般是由非金属元素与非金属元素形成的化合物），如水、氨气等。

离子构成的物质有：

离子化合物（一般指由金属元素与非金属元素或原子团形成的化合物），如氯化钠、硫酸钾等。