创新班的课程设置和学习内容，与普通班级不同，四校的“创新班”均实行开放式教学：直接与高校“对接”，聘请教授进课堂、拓展学习的深度和广度、增加实践与体验等内容。

交大附中“创新班”开学第一课，是交大校长张杰主讲的“人类能源的利用”：从二氧化碳的排放量到温室效应，到能源燃烧的特点，未来能源发展的方向等，讲解深入浅出，对这些高一学生产生了很大的吸引力。交大“创新班”学生的课程跟平行班基本一样，不过进度稍快一些，每周匀出半天请大学教师按不同专业方向进行授课，以扩大学生知识面，培养他们创新思维能力。

除了教授上课外，参与小课题或者项目研究，也是四校“创新班”学生的“必修课”。上海中学“创新班”学生，从高一起就要在数学、物理、化学、计算机、工程学等领域选择一到两个自己感兴趣的课题。学校采取大小班制、走班制、导师制等多元教学模式。学生根据研究领域选择导师，以项目形式沟通联系。

四校都为“创新班”搭建了宽松的学习平台，锻炼除课本、考试外的多种能力。如复旦附中要求学生分步完成四个校外“特选单元”：一个月的海外研修经历，一个月（不少于120课时）的大学课程学习，一个月的社会实践或见习，一个月国内同类型高中的交流学习。华东师大二附中要求学生赴上海科技馆或者上海博物馆担任志愿者，完成社会实践的学分。

为腾出更多时间进行课题研究、参与社会实践和校外研修，四校都对“创新班”的基础性课程进行了“校本”改造。如上海中学“创新班”的数理化教学，实行“双课本”制，即上海版教材与内容较为接近的国外有影响的学科原版教材。用国外原版教材授课时，要求数理化老师全英文授课。