办学主体不同、学校规模不同。

1、办学主体不同：清华附中校区是清华附中的总校区，由清华附中直接管理，而清华附中分校则是清华附中的分支机构，由清华附中授权给地方政府或企业办学。

2、学校规模不同：清华附中校区是清华附中的总部，学校规模较大，拥有完善的教学设施和师资力量；而清华附中分校通常规模较小，教学设施和师资力量可能相对较弱。