上海控江中学为新高一学生设立了12个班级，其中2个班级为创新班，只接纳通过自主招生预先录取的学生。1个综合实验班，专为裸考中分数较高的学生设立。在格致中学（包含奉贤校区），总共有7个班级，编号为1-7班，位于本部；而奉贤校区有5个班级，编号为8-12班。本部的7个班级中，1、6、7班被划为试验班，2、3、4、5班为平行班。奉贤校区的5个班级中，8、9班则专门设立为理科班。