沈阳奉天高中的学费设置分统招生和成本生两种类别。对于统招生，也被称为公费生，每生每学期需支付学杂费1020元以及住宿费1000元，合计费用为2020元。而成本生，包括特长生、本校初三优惠生等自主招生录取的考生，每生每学期需支付学杂费8800元及住宿费1000元，总费用为9800元。

所有新生入学时需额外支付校服费、床上用品费、国防教育费等费用，在8月17日上午新生注册时缴纳，费用按实际发生情况进行收取。对于高中学费，每生每学期收取学杂费1175元、高中课外课程选修费150元/门（每个学生每学期最多只能选2门国家规定课程以外的校本课程）、住宿费500元、体检费6元。除此之外，校服、活动费等费用按实际发生情况进行收取。