第一水平：中国微生物所（即中科院微生物所）：微生物方面水平相当高。

武汉病毒所（也是中科院的）：病毒方面的老一。

武汉大学：微生物方面在大学中绝对是一流。

江南大学：微生物的发酵方向无人能敌。

山东大学：微生物发酵及理论方面也是相当牛的。

华中农大、南京农大、中国农大农业院校的三巨头，微生物都有不错。

中山大学：微生物生物防治方面很好，有国家生防重点实验室。云南大学：放线菌方面研究很领先，有国家放线菌研究重点实验室。

第二水平：复旦大学 南开大学 扬州大学 南京大学 浙江大学 厦门大学 也有微生物方向的研究，但与上面的比可能略有差距。

第三水平：西北农大，福建农大，天津轻院等等与河南农业大学水平相当者。另外：象上海交通大学，华中科技大学等较多实力强的综合性大学这几年在生物技术方面发展很快，在一些研究方向也是一流的。