东南大学体育系注重学科建设，确保学生在学术生涯早期即接受全面的体育教育。一至四年级学生均需完成必修体育课程，总计144个学时，占4个学分。

在一年级，学生需要选择一门必修体育课程，如篮球、排球、足球（限男生）、手球、网球、乒乓球、羽毛球、武术、健美（男生）、健美操（女生）、体育舞蹈、游泳、田径、散手、女子防身术和定向越野等，项目会根据学生人数和水平分为普及和提高班。

进入二、三年级，课程选择更加丰富，主要为兴趣选项，学生可以根据个人喜好进一步探索和提升运动技能。四、五年级的课程则转向养生和健身，以太极拳、耐力跑或游泳为基础，配合《学生体质健康标准》的测试，作为毕业考核的重要依据。

对于少数身体状况特殊的学生，学校设有体育保健课，这是一门必修课程，旨在教授学生保健体育技能和促进康复的方法，有利于身心健康。

对于有体育专长和追求更高水平的学生，运动训练提高课则提供了一个提升运动技能的平台，为高水平运动员和研究生提供额外的训练机会。