佛山科学技术学院与佛山职业技术学院在多个方面存在显著差异。首先，从学校类型来看，佛山科学技术学院是一所地方综合性本科大学，而佛山职业技术学院则是一所全日制公办普通高等职业技术院校。

其次，关于学校历史，佛山科学技术学院有着悠久的办学历史，其前身可以追溯到1958年创办的佛山师范专科学校和华南农学院佛山分院，1995年，佛山师范专科学校、佛山教育学院和华南农学院佛山分院合并组建为佛山科学技术学院。2005年，佛山职工医学院和佛山教育学院并入佛山科学技术学院。而佛山职业技术学院则是在2000年经广东省人民政府批准，由佛山市人民政府举办的一所全日制公办普通高等职业技术院校。

再次，两所学校的学校地位也有所不同。佛山科学技术学院作为省市共管、以市为主的综合性本科大学，拥有较为全面的本科教育体系，涵盖多个学科领域。而佛山职业技术学院则专注于职业技术教育，以培养具有实践能力和专业技能的人才为目标。

综上所述，佛山科学技术学院和佛山职业技术学院在办学历史、学校类型及地位上存在较大差异，各自具有不同的教育使命和人才培养目标。