北京大学，自创立以来，共进行了三次重要合并。首先，在1937年，随着局势的变化，北京大学迁至长沙，与国立清华大学和私立南开大学共同组成了国立长沙临时大学。随后，1938年，三校又迁至昆明，并更名为国立西南联合大学。直到1946年，北京大学返回北平。

时间进入1952年，北京大学成为以文理基础学科为主的综合性大学，其主要校区由北京沙滩迁至现有地址。至此，北京大学在教育体系中的地位得到进一步稳固。

21世纪初，2000年，北京大学与原北京医科大学合并，此次合并使北京大学的学科布局更加全面，学术资源更加丰富，开启了新的发展篇章。