河南工业大学生物工程系提供三个本科专业，包含生物工程、生物技术及动物科学。其中，生物工程专业学习涵盖有机化学、生物化学、微生物学、分子生物学、化工原理、微生物工程工艺学原理、生化工程、生物工程设备、生物工厂设计等。发酵工程专业方向的课程还包括生物工业分析、生物工业三废处理、酶工程等，主要培养在生物工程领域进行生物细胞培养与选育、工艺设计、生产、管理及新技术研究、新产品开发的高级工程技术人才。

生物制药专业方向则开设药物化学、生物制药工艺学、药剂学、药理学、毒理学、药政法规等课程，以培养具备生物制药领域的专业知识与技能，能够在生物工程领域从事相关工作的高级人才。

生物技术专业方向侧重于生物技术的应用与研究，动物科学专业方向则分为动物营养与饲料工程、动物源性食品工程两个方向，旨在培养具有动物科学专业知识、动物营养与饲料设计及动物源性食品工程能力的专业人才。