山东师范大学在学科实力方面明显优于曲阜师范大学。尽管曲阜师范大学在非师范专业的统计学和控制科学与工程学科上具有一定的优势，但山东师范大学的整体学科实力更胜一筹。

从近年山东本省高考录取分数线来看，山东师范大学的表现也更为出色。2019年理科录取分数线为558分，2020年则达到了579分，而曲阜师范大学在这两年的录取分数线分别为518分和517分，两者相差50-60分。除去省会城市带来的录取分数线影响外，这一分数差距依然明显。

进一步来看，山东师范大学在2020年的最低录取位次为45603，而曲阜师范大学的最低位次则为137692，两者相差超过9万位次。这一数据进一步证实了山东师范大学在考生中的受欢迎程度更高。

综合以上各方面因素，可以说山东师范大学在学科实力、录取分数线以及考生认可度上均优于曲阜师范大学。