中飞院与民航大学在人才培养目标和特色专业方面存在显著差异。中飞院注重培养飞行员和交通管理人才，拥有国家级特色专业2个，即飞行技术和交通运输，以及1个交通部重点学科——交通运输规划与管理。此外，中飞院还拥有6个四川省省级重点学科。

相比之下，民航大学则更加侧重于航空技术和管理人才的培养。该大学的国家级特色专业包括飞行技术、交通运输和飞行器动力工程。在教育部第四轮学科评估中，民航大学共有3个入选学科，涵盖控制科学与工程、计算机科学与技术、交通运输工程、安全科学与工程、信息与通信工程和数学，其中前四个学科被评为C+，后两个学科被评为C-。此外，民航大学还拥有一流建设学科和天津市重点学科，其中一流建设学科1个，天津市第五期重点学科8个。

总体而言，中飞院更专注于飞行员和交通管理领域的教育，而民航大学则在航空技术及管理领域拥有更为广泛和深入的专业设置。这两所大学各有特色，为学生提供了多样化的学习选择。