在2005年9月，复旦学院应运而生，它作为复旦大学推进通识教育的教学、研究和管理核心机构，致力于借鉴和融合国内外顶尖高校在本科生培养方面的最佳实践。学院始终坚持以培养具备全面素质和创新精神的高素质人才为教育宗旨，对本科教育体系的革新起到了积极的探索和推动作用。目前，复旦学院承担着全校本科一年级学生的全面教学和管理任务，以及部分二年级学生的相关工作。这一职责体现了其在高等教育改革中的重要角色。

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2005年，时值复旦大学百年校庆庆典年，学校决定正式成立复旦学院。每年复旦大学的本科新生（包括留学生）按专业录取后将进入复旦学院，学习一年后再进入专业院系学习。复旦学院的模式在国内高校中还没有先例。不同于国内很多高校基地班、实验班等创新人才培养模式，复旦大学学分制建设从一开始就以全校学生为对象，强调关注所有学生的需求，为所有学生的成长平等地创造机会。复旦学院借鉴国内外著名大学本科生培养的优秀经验，深入贯彻“以学生为本”的理念，以培养全面发展的高素质、创新型人才为目标，全面推进本科教育教学体制的改革。