南京信息职业技术学院专业设置丰富多样，涵盖多个领域，满足不同学生的学习需求。电子信息学院提供电子信息工程技术、微电子技术、环境监测与控制技术、光伏发电技术与应用、电子产品质量检测、质量管理与认证等专业。

网络与通信学院则设有云计算技术与应用、通信技术、计算机网络技术、电信服务与管理、移动通信技术、物联网应用技术、通信工程设计与监理等专业，聚焦信息技术与通信领域。

人工智能学院包括大数据技术与应用、软件技术、移动应用开发、计算机应用技术、人工智能技术服务、信息安全与管理等专业，致力于人工智能与大数据技术的培养。

智能制造学院开设机电一体化技术、工业机器人技术、数控技术、电气自动化技术、模具设计与制造、电子制造技术与设备、智能控制技术、机械制造与自动化等专业，覆盖自动化与智能制造。

智能交通学院设有城市轨道交通通信信号技术、智能交通技术运用、新能源汽车技术、汽车检测与维修技术、汽车智能技术等专业，聚焦智能交通与新能源汽车技术。

数字商务学院提供电子商务、商务数据分析与应用、会计、市场营销、国际商务、物流管理等专业，关注数字商务与管理。

数码艺术学院设有数字媒体应用技术、虚拟现实应用技术、数字媒体艺术设计、视觉传播设计与制作、影视动画、录音技术与艺术等专业，涉及艺术与数字媒体。

士官学院提供电子信息工程技术、计算机应用技术、计算机网络技术、通信技术等专业，培养军事相关领域的专业技术人才。