一、学校级别不同

1、中国药科大学位于江苏省南京市，是教育部直属重点多学科大学，具有药学特色，理工学、经济学、管理学协调发展的多科性重点大学。它是国家“211工程”、“985工程优势学科创新平台”和国家“双一流”（世界一流学科）建设高校。

2、南京医科大学，简称南医大，位于南京市。由教育部、国家卫生计划生育委员会和江苏省共同建设。是教育部“卓越医生教育培养计划”下的江苏省试点大学，国家高水平大学建设公共研究院。研究生项目实施国家和高校“特色重点学科项目”，建设江苏省高层次人才培养计划“333工程”培训基地。

二、创办时间不同

1、中国药科大学学校前身系创建于1936年国立药学专科学校（本科四年制）。

2、南京医科大学创建于1934年，时名江苏省立医政学院。

扩展资料：

中国药科大学拥有一级学科博士点2个，博士点授权点24个，硕士点授权点29个，药学、中医药博士后流动站2个，博士后科研专业23个。

其中，药学一级学科是国家重点学科，涵盖六个二级国家重点学科。点学科、药理学、中西医结合是江苏省重点学科。在教育部2008年的学科评价中，中国药科大学的药学在中国排名第一和第三。

参考资料来源：百度百科-中国药科大学

参考资料来源：百度百科-南京医科大学