东南大学医学院虽然是专门招生代码，分数比其他专业低。但是东南大学从来没有歧视过医学院，而且把医学列为十一五期间重点发展的学科之一。大一结束的转系转专业可以从医学院转到别的学院，这一点是可以肯定的。我一个老乡就是这么转到经管去的。而且医学院（分临床医学院、基础医学院等）鼓励学生往其他专业转，不同于其他工科专业不希望学生转出去。每年转系成功率最高的，也就是医学院了，因为好多学生跟你一样，高考就是冲着将来转系转专业报考的。

好好努力吧，祝你成功！