南通理工学院冷门专业如下：

1、机械设计制造及其自动化专业：该专业培养具备机械设计与制造方面的基本理论和专业知识，能在企事业单位从事机械产品设计、制造与管理等方面工作的高级工程技术人哦

2、建筑环境与能源应用工程专业：该专业培养具备建筑环境与能源应用工程相关基础理论和基本技能，能够从事建筑环境与能源系统的设计、施工、运行与管理等方面工作的高级工程技术人才。

3、航空航天工程专业：该专业培养具备航空航天工程方面的基本理论和专业知识，能在航空航天领域从事研究、开发、设计、试验和管理等方面工作的高级工程技术人才。

4、测控技术与仪器专业：该专业培养具备测量与控制技术、电子技术和计算机技术等方面的基本理论和专业知识，能够从事测量与控制技术与仪器的研究、开发、设计和应用等方面工作的高级工程技术人才。

5、材料科学与工程专业：该专业培养具备材料科学与工程方面的基本理论和专业知识，能够从事材料的研究、开发、设计、制备、加工和应用等方面工作的高级工程技术人才。

以上是南通理工学院的一些冷门专业，这些专业在就业市场上相对较为稀缺，但也需要注意的是，选择专业时要结合自己的兴趣和职业规划做出合适的选择。

南通理工学院是经国家教育部批准建立的一所全日制普通本科高校，创始于2000年。目前学校有南通和海安两个校区，占地面积1599余亩，建筑面积70万平米。现有全日制在校学生2.2万余人

设有机械工程学院、汽车工程学院、土木工程学院、商学院、计算机与信息工程学院、电气与能源工程学院、健康医学院、传媒与设计学院、安全工程与应急管理学院、基础教学学院、创新创业学院、继续教育学院等12个二级学院，设置本科专业45个。