《浮士德博士》的构思最早可以追溯到1905年前后托马斯·曼记在笔记本上的一个简短计划：“梅毒艺术家形象；作为浮士德博士和把灵魂出卖给魔鬼的人。这种毒药具有迷醉、刺激、激发灵感的作用；允许他在欣喜若狂的状态下创作天才般的、神奇的作品，魔鬼向他伸出援手。但他最终还是去见了鬼——脑软化”。不过，这个计划一搁便是三十七年。直到1942年，托马斯·曼才又重新开始考虑它。1943年初，时值第二次世界大战开始发生不利于纳粹德国的重大转折，德军在斯大林格勒遭受失败，盟军在非洲展开反功，托马斯·曼脑海里再度浮现创作《浮士德博士》的念头。这一次他的创作欲望十分强烈，故而，一俟四部曲《约瑟和他的兄弟们》杀青，作家立即就展开了搜集资料的准备工作。

《浮士德博士》的写作开始于1943年5月23日，结束于1947年1月29日，总共历时三年零八个月。其间，托马斯·曼勤学好问，博览群书，大量涉猎了欧洲中世纪以来直至20世纪的思想史、文化史、哲学史、音乐史、文学史等相关文献和资料。如音乐方面，托马斯·曼不仅熟读了有关莫扎特、贝多芬、赫克托尔·伯辽兹、胡戈·沃尔夫等音乐家的专论和传记，同时也亲自结交了同时代著名音乐家如伊戈尔·斯特拉文斯基、阿诺尔德·勋伯格、汉斯·艾斯勒等人，并向他们认真讨教。又如神学、哲学、文学和历史学方面，托马斯·曼对马丁·路德时代的文献、三十年战争时期的史料、传统浮士德题材的多种文本、中世纪文学作品和成语集录以及尼采著作，乃至几乎所有关于尼采的传记作品基本上全都了如指掌，运用裕如。

托马斯·曼在创作这部用语言构成的音乐作品时，曾得到过音乐理论家阿多尔诺的帮助，他经常与阿多尔诺一起讨论这部作品的音乐形象，寻求在一些音乐创作的细节上给读者提供一个可信的音乐画面。 浮现在他眼前的是“撒旦般的笃信宗教，恶魔般的虔诚敬神，同时又是紧紧地被约束的但又是放荡罪恶的……等等”。画面的内容全部是矛盾的，反常的，因而是对现代文明的彻底颠覆，是一个“恶魔性”的美学典范。