南京林业大学林学工程专业包含四个方向：林学、水土保持与生态工程方向的林学、树木及观赏植物保护方向的林学、植物资源利用方向的林学。林学专业主要学习植物学、树木学、土壤学、林木遗传育种学、森林培育学、森林生态学、森林保护学和森林经理学等课程。水土保持与生态工程方向的林学则着重于水土保持原理、水土保持工程学、林业生态工程学、生态环境质量评价、生态学、工程制图、遥感与地理信息系统、森林水文学、水力学等课程。树木及观赏植物保护方向的林学课程包括基础微生物学、普通动物学、普通昆虫学、植物学、普通植物病理学、植物病原真菌学、植物检疫学、农药学、鸟兽生物学、观赏植物学等。最后，植物资源利用方向的林学学生将深入学习植物学、植物生理学、植物资源学、生物制品工艺学与原理、天然产物化学与利用分析、新植物资源市场开发与利用、植物解剖与生药鉴定、生物化学、仪器分析等课程。