教育部直属高校与全国重点大学之间存在显著差异。前者是直接隶属于教育部管理的高校，后者则可能隶属于其他部委，或为省属高校，但均被纳入国家重点发展计划。

例如，南京师范大学与安徽大学作为江苏省及安徽省的省属高校，并非教育部直属，但它们被列入了“211工程”发展计划，因此也被视为全国重点大学。中国科技大学虽不属于教育部，而是中国科学院直属，但其地位相当于中国的顶尖学府，即“C9联盟”，与清华大学、北京大学等并列。

中央民族大学为“211工程+985工程”国家重点大学，但其管理归属于国家民委。哈尔滨工业大学、西北工业大学等，作为中华人民共和国工业和信息化部直属高校，专注于军事、军工等工科领域。

中国协和医科大学，作为顶尖的医学高等学府，隶属于国家卫生和计划生育委员会，而非教育部。这类情况展示了高等教育领域中，不同管理部门的直接或间接参与，以及它们如何影响学校的定位与地位。

此外，还有一种称为“省部共建高校”的特殊类别，由教育部与各省份或部委共同出资，支持学校的建设与发展。这些大学部分属于“211工程”或“985工程”，部分则并非全国重点大学，但拥有良好的学科体系和教学质量，如安徽师范大学等。