河海大学海洋学院下设多个系与研究所，包括水道及港口工程系、海洋科学与技术系、交通运输工程系、海岸与海洋工程系以及工程CAD与图学教研室。学院还设有海岸及海洋工程研究所、交通运输与物流工程研究所、风暴潮灾害研究所、物理海洋研究所，并拥有“海岸灾害及防护”教育部重点实验室与港口航道及海岸工程实验中心。江苏省交通基础技术工程研究中心及河海大学高等级公路研究中心也挂靠在该学院。

学院提供包括港口海岸及近海工程、海岸带资源与环境、物理海洋学在内的3个博士点，以及港口海岸及近海工程、海岸带资源与环境、物理海洋学、交通运输规划与管理在内的4个硕士点。同时，学院还设有交通运输工程领域的工程硕士点，以及港口航道与海岸工程、海洋技术、交通工程、船舶与海洋工程4个本科专业。其中，港口海岸及近海工程为国家重点学科，物理海洋学为江苏省重点学科，而港口航道与海岸工程专业则为江苏省高等学校品牌专业。

在创始人中科院院士、工程院院士严恺教授的带领下，学院培养出一批在港航工程、海岸与海洋工程、交通工程领域有高深造诣的学者与专家，构建了完整的交通与海洋学科体系。在教学、科研与服务社会方面，学院取得了显著成绩，为国家现代化建设做出了杰出贡献。学院在现代筑港工程、航道工程、交通工程、海洋动力、海岸水环境、滩涂资源综合开发利用等领域开展了广泛深入的研究，并获得国家和部、省级科技成果奖60余项，其中不乏国家科技进步一等奖。

海洋学院正以“面向现代化、面向世界、面向未来”的要求，在高校改革的浪潮中团结奋进、锐意进取，旨在创造更加灿烂辉煌的明天。