长春工业大学最好的专业是机械工程及自动化专业。

机械工程及自动化专业是长春工业大学的传统优势专业。该专业在学科建设和科研方面有着深厚的积累，拥有一流的师资团队和先进的教学设备。学生在此专业可以接触到最前沿的机械工程技术和自动化知识，为未来的职业发展打下坚实的基础。该专业的毕业生在制造业、汽车制造等领域具有广泛的就业前景。此外，长春工业大学在机械工程领域的研究成果丰硕，多次获得国家级和省级的科研成果奖，这也从侧面反映了该专业的实力。

机械工程及自动化专业涵盖了机械设计、制造、自动化等多个方向，是一个综合性很强的专业。长春工业大学的这个专业注重实践能力的培养，学生可以通过参与各类实践活动和项目，将理论知识应用于实际，提升自己的技能水平。

另外，长春工业大学的机械工程及自动化专业还与地方经济和企业有着紧密的联系。学校积极与企业合作，为学生提供了实习和就业的机会，使得毕业生更能够适应当地的经济发展需求，更好地服务于地方经济。

综上所述，长春工业大学的机械工程及自动化专业凭借其深厚的学科底蕴、一流的师资力量、实践教学和地方合作等方面的优势，被认为是该校最好的专业。