哈尔滨工程大学的专业中，船舶与海洋工程专业，能源与动力工程专业，轮机工程专业，自动化专业，水声工程专业，计算机科学与技术专业，机械设计制造及其自动化专业，电子信息工程专业，工商管理专业，核工程与核技术专业，光电信息科学与工程专业等都各有特色。

船舶与海洋工程专业是哈尔滨工程大学的亮点之一。它的前身是1953年创立的哈尔滨军事工程学院（哈军工）海军工程系造船科，经过几十年的发展，已经成为我国船舶工业，海军装备和海洋开发领域科学研究与人才培养的重要基地。

哈尔滨工程大学在2021年的就业质量报告中展现出优秀的成绩。本科生深造率达到了52.75%，其中海外留学率更是高达4.22%，保研率更是高达22.53%，超越了部分985，211顶尖大学，堪称性价比极高的211大学。

就业去向落实率达到了94.06%，其中协议合同就业比例为37.35%，这样的数据在211大学中可以说是相当出色。从就业质量来看，世界500强企业中就业比例超过30%，这表明哈尔滨工程大学的毕业生在就业市场中具有极高的竞争力。