医院检查开公司发票步骤如下：

1、在检查前先向医院的财务部门或者收费窗口咨询是否可以开具公司发票，以及需要提供哪些材料。

2、检查完成后，向医院的财务部门或者收费窗口提供需要开具发票的发票抬头、纳税人识别号等相关信息，同时提交检查的发票原件和相关证明材料。

3、医院的财务部门或者收费窗口核对信息后，开具公司发票并将发票和证明材料交给对方。