安徽工业大学化学与化工学院下设三个主要院系，分别为化学工程系、应用化学系和高分子材料与工程系。

化学工程系由张代林主任和沈正金副主任领导，该系拥有悠久历史和深厚学科积淀，其特色专业是化学工程与工艺，起源于1977年的焦化专业，逐步发展为国家级特色专业。自1996年起，该系承担了众多国家级和省部级科研项目，与大型企业合作广泛，科研成果丰富，学科水平国内领先。目前，化学工程系有教师14人，其中包括3名教授和1名博士生导师，师资力量雄厚。

应用化学系由王知彩主任和伊廷锋副主任管理，是安徽省重点学科和特色专业。该专业在精细化工和工业分析基础上发展，致力于培养应用化学和分析化学领域的研究生。应用化学系秉持创新与实践的教育理念，已培养出一批广受欢迎的毕业生，就业率超过96%。

高分子材料与工程系由古绪鹏主任和杨建国副主任负责，成立于2002年，设有高分子材料成型与加工和高聚物合成与改性两个研究方向。教师团队在水性树脂、导电聚合物、新型涂料等领域开展研究，实验中心设施齐全，为学生提供了良好的实验环境。