集美大学专业设置丰富，涵盖了多个领域。其中，主要的专业包括工商管理、市场营销、审计学、旅游管理、电子商务、音乐表演、音乐学以及舞蹈表演等。学校下设21个学院，共有69个本科专业。

在研究生教育方面，学校实力雄厚。截至2017年2月，学校拥有2个一级学科博士点，9个一级学科硕士学位授予点，覆盖了56个二级学科硕士点，同时设有4个硕士专业学位点，覆盖30个领域。此外，学校还建有8个福建省一级重点学科，2个福建省特色重点学科，以及1个水产学科博士后科研流动站，进一步提升了学术研究与人才培养的质量。